In 1993 promoveerde hij aan de faculteit der Letteren van de Rijksuniversiteit Groningen op Adel in Friesland 1780-1880. Dit standaardwerk werd tweemaal met een wetenschappelijke prijs bekroond. Behalve op eigen vakterrein publiceert Kuiper over velerlei onderwerpen, uiteenlopend van sportgeschiedenis (de magie van Abe Lenstra) tot literatuur (Louis Couperus en W.F. Hermans). Een groter project waarbij hij op dit moment is betrokken is dat van aristocratie, macht en herinnering in Europa in de twintigste eeuw. Onlangs was hij nauw betrokken bij de verschijning van het het handboek Religie in Nederland.