Leufkens specialiseerde zich tijdens haar studie Taalwetenschap aan de Universiteit van Amsterdam in de typologie. Ze promoveerde op een onderzoek naar de mate van transparantie van verschillende talen. In haar proefschrift Transparency in Language. A typological study vergelijkt ze 22 talen op het voorkomen van overbodige grammaticale elementen en regels. Bovendien laat ze zien dat sommige typen non-transparantie veel frequenter zijn dan andere, wat gedeeltelijk te verklaren is aan de hand van leerbaarheid.

Voor een nieuw onderzoeksproject ontwikkelt ze een app die docenten Nederlands als tweede taal (NT2) meer leert over de cruciale eigenschappen van de eerste talen van hun cursisten (meer info). Verder is ze geïnteresseerd in theoretische taalwetenschap, de invloed van sociaalhistorische factoren op de grammatica van talen en taalcomplexiteit. Ze schrijft voor haar eigen taalblog De Taalpassie van Milfje. Én doceert in vakken over de grammatica van het Nederlands in vergelijking tot andere talen en dialecten, en over het onderwijs Nederlands als tweede taal.