Van 1996 tot 2000 was hij wetenschappelijk medewerker bij het Instituut voor de Geschiedenis van de Geneeskunde, Natuurwetenschappen en Techniek aan de Universiteit van Jena, Duitsland. Van 2001 tot 2007 werkte hij mee aan de historisch-kritische Schelling-editie, uitgegeven door de Beierse Academie der Wetenschappen en gaf tevens les aan het departement filosofie van de Universiteit in München.

Bijzondere aandacht besteedt hij aan het verbinden van filosofische en wetenschapshistorische vraagstellingen, in het bijzonder aan de historische ontwikkelingen van en de relaties tussen verschillende vormen van 'wetenschap'. In het academische jaar 2009-2010 werd hij verkozen tot docent van het jaar van de Universiteit Utrecht. Paul Ziche studeerde filosofie, natuurkunde en psychologie in München en Oxford.