Als universitair hoofddocent aan de UvA geeft Schouwstra les in het interdisciplinaire programma Cognition, Language and Communication en in Linguistics and Logic. Ze is geïnteresseerd in hoe complexe betekenissen het best gekarakteriseerd kunnen worden en hoe ze tot stand zijn gekomen. Zo observeert ze in laboratoriumexperimenten waarin deelnemers op nieuwe manieren communiceren, wat er gebeurt als talen opnieuw worden gecreëerd, en ze combineert deze experimentele aanpak met computationele modellen en gegevens van bestaande talen. Ze publiceert haar werk in internationale tijdschriften, en ontving een Erasmus Studieprijs voor haar onderzoek.