De Zoete is een van de hoofdonderzoekers van de Utrecht Exposome Hub. Dit initiatief werd in 2018 opgericht ter ondersteuning van interdisciplinaire samenwerking, om zo beter te begrijpen hoe onze omgeving onze gezondheid beïnvloedt.

Zijn onderzoek richt zich op het microbioom in de darmen, die een sleutelrol spelen in de ontwikkeling van diverse darmziekten zoals de ziekte van Crohn, darmkanker, diabetes en het metabool syndroom. Met zijn onderzoeksteam aan het UMC Utrecht zoekt De Zoete naar de specifieke soorten darmbacteriën die mensen meer vatbaar kunnen maken voor deze darmziektes.

Van 2011 tot 2015 was De Zoete werkzaam als postdoc onderzoeker aan Yale University in de Verenigde Staten.