Als archeoloog is Kuijpers gespecialiseerd in metaalbewerking in de Bronstijd. Hij is vooral geinteresseerd in het contact tussen mens en materiaal. Voor hem zijn ambachtelijke vaardigheden en vakmanschap uit het verleden een vorm van kennis en intelligentie. Archeologie gaat volgens Kuijpers daarom niet alleen over objecten uit het verleden, maar ook over mens en maatschappij in de toekomst.

Kuijpers begeeft zich met zijn onderzoek zowel binnen als buiten de archeologie. Zo schrijft hij regelmatig artikelen voor het online journalistieke platform De Correspondent en ontwikkelt Kuijpers animaties en games. Daarnaast gaf hij een collegereeks over materiële cultuur aan de Koninklijke Academie van Beeldende Kunsten, waar hij zelf ook een lessen gevolgd heeft, en produceerde hij de documentaire ‘Craft: The Future is Handmade’.

Van 2015 tot 2019 was Kuijpers onderzoekscoördinator bij het ‘Centre for Global Heritage’, een samenwerking tussen de Universiteit Leiden, de TU Delft en de Erasmus Universiteit Rotterdam. Kuijpers behaalde zijn PhD aan de University of Cambridge. Zijn masterscriptie, over metaalbewerking tijdens de Bronstijd in Nederland, werd in 2008 bekroond met de W.A. van Es Prijs voor Nederlandse Archeologie.