Hajer is expert op het gebied van het verkennen van relaties tussen bestuur en beleid, stedelijke ontwikkeling en de kwaliteit van de leefomgeving. Aan de Universiteit Utrecht is hij directeur van de Urban Futures Studio en wetenschappelijk directeur van het universiteitsbrede strategische thema Pathways to sustainability. 

Naast zijn werk aan de Universiteit is Hajer lid van het International Resource Panel van de Verenigde Naties, dat als doel heeft om ons grondstoffengebruik wereldwijd te verbeteren. Daar schreef hij mee aan het rapport ‘The Weight of Cities’, waarin geroepen wordt om nieuwe strategie voor de inrichting en ontwikkeling van de stad. Het is onvermijdelijk dat steden en hun verbruik zullen groeien, maar hoe kunnen we dat op duurzame wijze realiseren?

Voor zijn aanstelling als faculteitshoogleraar was hij directeur van het Planbureau voor de Leefomgeving, waarvoor hij in 2014 de prijs Overheidsmanager van het Jaar kreeg toegekend. Hiervoor werkte hij o.a. bij de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid en was hij hoogleraar Bestuur en Beleid aan de Universiteit van Amsterdam.

Hajer heeft vele boeken gepubliceerd, waaronder het veel geciteerde The Politics of Environmental Discourse (1995) en samen met anderen Neighbourhoods for the Future – a Plea for a Social and Ecological Urbanism (2020) waarvan in 2022 een nieuwe druk verschijnt.