Huijer is gespecialiseerd in het functioneren van het systeem van kinderbescherming in Nederland. Hierbij doet hij vooral onderzoek naar besluitvormingsprocessen binnen de jeugdbescherming, en kijkt hij naar de rechtspositie van uit huis geplaatste kinderen en hun ouders.

In 2021 publiceerde Huijer samen met prof. dr. Ido Weijers het boek Jeugdrecht in de praktijk, dat professionals een inleiding biedt tot het brede gebied van het jeugdrecht.

In november 2020 promoveerde hij op een onderzoek naar de juridische rechtvaardiging in de praktijk voor de inzet van een kinderbeschermingsmaatregel. Hiervoor analyseerde hij dossiers van de Raad voor de Kinderbescherming analyseerde om te onderzoeken of, en zo ja hoe, de wettelijke vereisten in de praktijk worden toegepast.