Zijn onderzoek richt zich vooral op de politieke en filosofische implicaties van menselijke beperkingen, bijvoorbeeld in keuzevermogen, wilskracht en zelfkennis, en de mogelijkheden om deze gebreken te kunnen compenseren ("scaffolding"). Zo leidde hij een vierjarig project over e-coaching in het “Healthy Lifestyle Solutions” programma gefinancierd door NWO's Nationale Initiatief Hersen en Cognitie, en Philips Research.

Daarnaast houdt Anderson zich in zijn werk bezig met diverse gebieden van de ethiek, zoals digitale ethiek. Binnen dat thema is één van zijn interessegebieden nudging, oftewel de vraag hoe technologie ons gedrag onbeuwst beïnvloedt. Hij is de coördinator en docent van de filosofiecursus Digital ethics, waarin ethische reflecties op de toenemende digitalisering in ons leven centraal staan. Ook is Anderson als lid van het raad van bestuur betrokken bij het onderzoeksproject The Ethics of Socially Disruptive Technologies. Daarbinnen wordt gewerkt aan een filosofische benadering van nieuwe technologieën die de potentie hebben om ons alledaags leven, culturele praktijken en economische instituties radicaal te veranderen.

Anderson is tevens directeur van het Ethiek Instituut van de Universiteit Utrecht, dat zich richt op de bestudering van praktische morele vraagstukken in hun wetenschappelijke, sociale en politieke context.