Duyndam is onderzoeksleider van het interdisciplinaire onderzoeksproject Geestelijke Weerbaarheid en Humanisme, waaraan zowel door onderzoekers van de UvH als door andere onderzoekers wordt deelgenomen. Zijn eigen onderzoeksinsteek in dit project betreft de betekenis van voorbeeldfiguren in humanisme en humanistiek. In relatie tot dit thema publiceert hij, vanuit humanistiek perspectief, over zaken als mimesis, empathie, generositeit, vergeving, uniciteit, vernedering, vriendschap; en over denkers als Levinas, Heidegger en Girard. Daarnaast is Duyndam co-chair van het interdisciplinaire onderzoeksproject De actuele fascinatie van het offer.

Joachim Duyndam studeerde filosofie aan de universiteiten van Utrecht, Nijmegen en Amsterdam, waar hij in 1984 cum laude afstudeerde bij de hermeneutische filosoof prof. dr. Theo de Boer. Zijn doctoraalscriptie De meervoudigheid van de mens is als boek verschenen in de 'Filosofische reeks' van de Universiteit van Amsterdam.

Na zijn afstuderen werkte hij van 1984 tot en met 1988 als wetenschappelijk onderwijsmedewerker aan de Faculteit Wijsbegeerte te Nijmegen. Sinds de oprichting van de Universiteit voor Humanistiek (UvH) in 1989 is hij daaraan verbonden, eerst als universitair docent, later als universitair hoofddocent filosofie, in het bijzonder humanistische antropologie, sinds 2010 als bijzonder hoogleraar vanwege de stichting Socrates en sinds 2015 als hoogleraar Humanisme en filosofie. Hij promoveerde in 1997 op een onderzoek naar empathie en inlevingsvermogen (Denken, passie en compassie).