Knipscheer doet onderzoek naar de interculturele aspecten van trauma, de toepasbaarheid en effectiviteit van interventies voor cultureel diverse groepen en de ontwikkeling van cultuursensitieve behandelprogramma’s voor mensen die schokkende gebeurtenissen hebben meegemaakt. Naast zijn werk als onderzoeker aan de Universiteit Utrecht en ARQ, is Knipscheer werkzaam in de praktijk als psychotherapeut bij Centrum ’45. Verder is hij plaatsvervangend hoofdopleider van de post master opleiding tot psychotherapeut bij RINO Amsterdam.