Onderzoeksinteresses van Jelle van Buuren zijn inlichtingen- en veiligheidsdiensten, complottheorieën, nieuwe protestbewegingen en anti-institutionele bewegingen.

In 2016 promoveerde Van Buuren op politiek-sociologisch onderzoek naar de relatie tussen complottheorieën en systeemhaat, een fenomeen dat we tegenwoordig 'anti-institutioneel extremisme' noemen. Complotdenkers zijn niet staatsgevaarlijk, concludeert Van Buuren in zijn proefschrift, maar dat betekent niet dat we ze moeten negeren. De populariteit van anti-institutionele complotten laat zien dat de geloofwaardigheid en legitimiteit van de rechtsstaat onder druk staan, en daar moeten we iets mee.