Hij is postdoctoraal onderzoeker aan de Technische Universiteit Delft en gastonderzoeker aan de Universiteit Utrecht. Centraal in zijn onderzoek staat de invloed van een slechte, stressvolle, buurt op probleemgedrag van jongeren op latere leeftijd. Bij de UU is hij betrokken bij het project Resilience and vulnerability in young people van Dynamics of Youth, waar hij zijn eigen kennis over wijken combineert met inzichten uit de pedagogiek. Bij de TU Delft is hij aangesloten bij het onderzoeksproject DEPRIVEDHOODS, dat de relatie tussen sociaalruimtelijke ongelijkheid, kansarme wijken en buurteffecten onderzoekt.

Daarnaast is hij editor van The Journal of Housing and the Built Environment.

Nieuwenhuis was visiting researcher aan de The University of Bristol en The Hong Kong University of Science and Technology.

Hij promoveerde aan de Universiteit Utrecht op een onderzoek naar de buurteffecten en de effecten van woonmobiliteit op onderwijs- en werkgelegenheid bij jongeren in 2014. Nieuwenhuis studeerde sociologie in Utrecht.