Binnen deze thema’s richt Muilwijk zich op milieuproblemen. Ze zoekt naar antwoorden en ideeën vanuit de ethiek en politieke filosofie. Ze is co-auteur van de policy brief ‘Voedsel voor de circulaire economie’, waarin de oproep wordt gedaan te streven naar het optimaal inzetten en hergebruiken van grondstoffen en producten. Deze policy brief is gericht op het langer gebruiken van grondstoffen en het zoveel mogelijk voorkomen van afval en schade aan het milieu.

Muilwijk werkt momenteel aan een project voor de verduurzaming van het Nederlands voedselsysteem.