In 2016 publiceerde ze White Innocence: Paradoxes of Colonialism and Race, over racisme in Nederland. Daarnaast is zij directeur van GEM, Expertisecentrum Gender, Etniciteit en Multiculturaliteit in het hoger onderwijs. Deze organisatie adviseert, ontwikkelt instrumenten en doet onderzoek op het gebied van het genderbewust en intercultureel maken van hoger onderwijs. Haar specialisaties liggen op het gebied van Gender Studies, Sexuality Studies, African American Studies, en Caribbean Studies.

Wekker promoveerde als cultureel antropoloog met het proefschrift I Am a Gold Coin; The Construction of Selves, Gender and Sexualities in a Female, Working-Class, Afro-Surinamese Setting (UCLA 1992), een onderzoek naar de seksuele subjectiviteit van Creoolse volksklasse vrouwen in Paramaribo, Suriname.

Wekker publiceerde op een groot aantal terreinen o.a. over de seksuele subjectiviteit van vrouwen in de zwarte Diaspora, kennissystemen in de Nederlandse academie en in de Nederlandse multiculturele samenleving, over diversiteit in het Letteren- curriculum en over de geschiedenis van de zwarte, migranten- en vluchtelingen- vrouwenbeweging in Nederland.