Bakker doet onderzoek op het gebied van de antieke wijsbegeerte, in het bijzonder de Epicureïsche fysica en kenleer. Hij houdt zich daarnaast bezig met de verwerking van natuurfilosofie en wetenschap in de antieke literatuur.

Bakker voltooide de masters Civiele Techniek (1995) en Griekse en Romeinse Taal en Cultuur (2001) aan respectievelijk de Technische Universiteit Delft en de Universiteit van Amsterdam, waarna hij in 2010 zijn doctoraat behaalde met zijn proefschrift Three Studies in Epicurean Cosmology aan de Universiteit Utrecht.