Hiervoor was zij onderzoeker en docent bij het Ethiek Instituut van de Universiteit Utrecht. Haar interesses met betrekking tot onderzoek liggen met name op het gebied van dieren en milieu, ethiek en politieke filosofie. Momenteel doet zij onderzoek naar de morele status van dieren en andere natuurlijke entiteiten, ethiek in de risicosamenleving en de deliberatieve democratie.

Bovenkerk voltooide haar promotieonderzoek 'The Biotechnology Debate. Democracy in the face of intractable disagreement' aan de Universiteit van Melbourne, Australië. Haar master behaalde ze aan de Universiteit van Amsterdam met haar onderzoek 'Pluralism in Environmental Ethics'.