Als plaagdierexpert is Bastiaan Meerburg betrokken bij verschillende wetenschappelijke projecten rondom plaagdierbeheersing- en bestrijding. Zo is Meerburg op dit moment projectleider van het onderzoek "Alternatieve bestrijding knaagdieren". In dat onderzoek wordt de effectiviteit en welzijnsvriendelijkheid van nieuwe bestrijdingsmethoden voor ratten en muizen onderzocht. Ook spreekt Meerburg regelmatig over plaagdierbeheersing- en verspreiding in de landelijke media.

Vanaf 2002 bekleedde Meerburg de positie van projectleider binnen het ID-Lelystad, het Instituut voor Dierhouderij en Diergezondheid B.V. Daar deed hij onderzoek naar zoönosen, ziektes die van mens op dier kunnen overslaan. Specifiek keek hij naar de ziekteoverdracht van bepaalde infecties, zoals Salmonella, van knaagdieren op vee. In 2006 promoveerde Meerburg op dit onderwerp aan de faculteit Geneeskunde van de Universiteit van Amsterdam.

Naast zijn werk als senior-onderzoeker en directeur, bekleedt Meerburg ook veel nevenfuncties. Hij is onder meer redactielid van het wetenschappelijke tijdschrift Frontiers in Ecology and Evolution, dat artikelen publiceert over ecologische en evolutionaire inzichten over de natuur en hoe natuurgebieden beheerd moeten worden.