In 1998 volgde ze in Londen een masterstudie International journalism. Na een aantal stages in Engeland en Nederland werd ze redactrice bij HP/De Tijd. Ze specialiseerde zich in reconstructies en portretten van bekende en onbekende mensen en van groepen die samen een bewogen periode meemaakten, zoals Nederlanders die in mei 1968 naar Parijs trokken. Ook schreef ze over misdaden en politieke gebeurtenissen, zoals de krakersrellen op Koninginnedag 1980.

Haar eerste boek, over het Gooise landhuis Jagtlust - in de jaren vijftig en zestig verzamelpunt van alles wat jong en artistiek was - was een logisch gevolg van het journalistieke werk. Eind 1999 nam Annejet van der Zijl ontslag bij HP/De Tijd om te werken aan de biografie Anna over Annie M.G. Schmidt. Ze streefde naar een biografie naar Angelsaksisch voorbeeld: een zo compleet mogelijk levensverhaal dat ook spannend moest zijn. In januari dit jaar werd de zevendelige tv-serie Annie M.G. uitgezonden, geïnspireerd op de biografie door Van der Zijl.

Sonny Boy, over de 'verdwenen levens' van Waldemar Nods en Rika van der Lans, verscheen in 2004. Op 4 maart 2010 promoveerde ze aan de Universiteit van Amsterdam op een biografie van prins Bernhard, verschenen onder de titel Bernhard. Een verborgen geschiedenis.