Naaijkens richt zich in zijn onderzoek op vertaling, vertaalgeschiedenis en de interculturele uitwisseling die hierbij een rol speelt. Poëzie heeft zijn bijzondere belangstelling. Naaijkens vertaalde werk van Robert Musil en Paul Celan in het Nederlands en is redacteur van Filter, het tijdschrift over vertalen en van Terras, het tijdschrift over literatuur en alle aanpalende gazons.