Sinds 1985 verricht Mommersteeg antropologisch onderzoek in Djenné (Mali). Daar was hij ook betrokken bij het Nederlandse/Malinese project voor de restauratie en het behoud van traditionele Malinese architectuur.

De interesses van Mommersteeg liggen vooral bij Mali, lokale Islam, traditionele architectuur, veldwerkmethodes en etnografie. Naar aanleiding van zijn antropologische onderzoek in Djenné schreef hij onder andere het, voor een breder publiek bestemde, boek In de stad van de Marabouts (1998).