In 2006 won Scheres de NWO Spinozaprijs voor zijn bijdrage aan het onderzoek naar de ontwikkeling van cellen in planten en met name voor zijn nieuwe inzichten aangaande de rol van stamcellen in de ontwikkeling van wortels van planten. In 2000 kende de Botanical Society of America hem de Jeanette Siron Pelton Award toe, een prestigieuze prijs voor onderzoekers die innovatieve bijdragen leveren aan experimentele planten morfologie. In 2004 is hij verkozen tot lid van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen.

Scheres studeerde plantenziektekunde aan Wageningen Universiteit, alwaar hij in 1990 promoveerde. Na als postdoc bij het laboratorium voor genetica in Gent (België) te hebben gewerkt, startte hij in 1990 als universitair docent bij de Universiteit Utrecht. In 1999 werd hij daar benoemd tot bijzonder hoogleraar Ontwikkelingsgenetica van Planten.

Ben Scheres onderzoekt de manier waarop planten zich ontwikkelen vanuit hun genetische blauwdruk. Als modelsoort bestudeert hij de zandraket. Hij ontdekte welke rol stamcellen spelen bij patroonvorming en groei van de wortel. Met succes toonde hij aan dat veel mechanismen in planten nauw verwant zijn aan processen in dieren.