Pekelder is naast zijn docentschap aan de Universiteit Utrecht ook werkzaam als bijzonder hoogleraar hedendaagse West-Europese geschiedenis aan de Universität des Saarlandes, redactievoorzitter van het Tijdschrift voor Geschiedenis en voorzitter van het Nederlands Genootschap voor Internationale Zaken (NGIZ), afdeling Utrecht.

Hij publiceerde onder meer de boeken Nieuw nabuurschap. Nederland en Duitsland na de val van de Muur (2014) en Sympathie voor de RAF. De Rote Armee Fraktion in Nederland (2007).

In 1992 studeerde Pekelder cum laude af aan de Universiteit Utrecht met een specialisatie in de geschiedenis van internationale betrekkingen.