Hij studeerde staats- en bestuursrecht, politicologie en wijsbegeerte aan de Rijksuniversiteit Leiden en aan Columbia University Lawschool in New York. In 1990 promoveerde hij op het proefschrift Verantwoordelijkheid en organisatie, dat bekroond werd met de G.A. van Poeljeprijs van de Vereniging voor Bestuurskunde. Centrale thema's in zijn onderzoek zijn onder meer politieke en ambtelijke verantwoordelijkheid, publieke verantwoording (accountability), democratie, en de rechtsstaat en burgerschap in de informatiemaatschappij.

Bovens is lid van de KNAW en als gasthoogleraar verbonden aan het Department of Political Science van de Research School of Social Sciences van de Australian National University in Canberra. In het verleden was hij als beleidsmedewerker gedetacheerd bij de ministeries van Verkeer & Waterstaat en Justitie, en was de afgelopen jaren lid van een aantal adviescommissies, onder andere op het gebied van ICT & overheid, grondrechten, en overheidsaansprakelijkheid. In 2001 en 2002 leidde hij een van de deelonderzoeken in het kader van de Parlementaire Enquête Bouwnijverheid.